PKO ocalała, ale zachowała wąski zakres uprawnień. Mogła jedynie upłynniać aktywa i z uzyskanych sum wypłacać część oszczędności i wkładów czekowych swoich klientów. Próby podjęcia przez Bank inkasa weksli czy obrotu czekowego były blokowane przez władze okupacyjne.
Aby zdobyć środki na pokrycie wydatków administracyjnych, opłacenie personelu i remonty uszkodzonych budynków, PKO musiała wynajmować nieruchomości, pobierać opłaty za przechowywanie depozytów czy sprzedaż kuponów od listów zastawnych. W 1941 r. nazwa Banku została zmieniona na „PKO. Dawna Kasa Oszczędności” – Ehemalige Polnische Postsparkasse.
Niemcy plądrowali sejfy Banku. Codziennie wzywali grupę klientów i w ich obecności zabierali z bankowych skrytek dewizy i złoto.
Na pokrycie przedwojennych zobowiązań Kasa mogła przeznaczać tylko przedwojenne aktywa. Mogła je upłynniać i z uzyskanych pieniędzy wypłacać część oszczędności oraz wkładów czekowych swoich klientów. Wypłaty środków z wkładów oszczędnościowych były jednak ograniczane, a złoty tak stracił na wartości, że wielu klientów postanowiło zachować środki na kontach z zamiarem ich odzyskania po wojnie.
Funkcjonowanie PKO było jak życie w okupowanej Polsce – pod pozorami normalności kryły się represje, brak swobody działania i eksploatacja ekonomiczna kraju. Wielu pracowników Kasy uczestniczyło w ruchu oporu i działalności konspiracyjnej, a potem wzięło udział w Powstaniu Warszawskim. Udało im się także ukryć wartościowy sprzęt oraz maszyny do liczenia i księgowania, które po wyzwoleniu wykorzystano w nowo powstałych oddziałach.